两者仅在在鉴定流程上有区别。个人DNA亲子鉴定通常由被鉴定者个人在家中自己取样送检；而司法鉴定则需要法院或律师事务所的介绍信，并需在上述部门工作人员的监督下，在司法鉴定机构进行拍照、留手印和取样。除此以外，两种鉴定在所检测的位点（即基因）和准确性上是完全一致的。由于鉴定流程的区别，个人DNA亲子鉴定的结果将不会被法院认可。